3つの亜種、S. a. expectata、S. a. nigriventer、S. a. azureaが認められており、主な違いは背、胸、腹部の色です。近縁種は、ビロードゴジュウカラ(S. frontalis)、キバシゴジュウカラ(S. solangiae)、キバシゴジュウカラ(S. oenochlamys)です。この種の個体数は確定されていないが、分布域が広いため絶滅の危険性は低いと考えられる。国際自然保護連合(IUCN)によって「軽度懸念」種に分類されている。
2014年、エリック・パスケらは、21種のゴジュウカラの核DNAとミトコンドリアDNAの解析に基づいた系統樹を発表した。[fn. 2] アオゴジュウカラの属内での位置は、モデル内の他の多くの種よりも相関がはるかに低いため、確証は得られなかった。しかしながら、調査結果によれば、この種はビロードゴジュウカラとキバシゴジュウカラ S. oenochlamys (そしておそらく非常によく似たキバシゴジュウカラ S. solangiae も含まれるが、これはまだ検証されていない)からなるクレードによって最もよく代表されるようです。これらの熱帯アジアのゴジュウカラは、亜属 Sitta (Micrositta) (S. canadensis グループと呼ばれることもある) と、チャガシラゴジュウカラ (S. pusilla) およびコビトゴジュウカラ (S. pygmaea) からなるクレードの姉妹クレードです。これらの結果は、2020 年に Martin Pckert らが行ったさらなる研究によって確認されました。
ゴジュウカラの亜種は3種が認められています。
S. a. expectata (Hartert, 1914) は、1914年にドイツの鳥類学者エルンスト・ハルテルトによって、マレー半島パハン州のセマンコ峠で採集されたホロタイプ標本に基づいてCallisitta azurea expectataとして記載されました。スマトラ島にも生息しています。 S. a. nigriventer (Robinson & Kloss, 1919) は、1919年にイギリスの動物学者ハーバート・ロビンソンとセシル・クロスによって、インドネシアの西ジャワ州ゲデ山で採集されたホロタイプ標本に基づいてPoliositta azurea nigriventerとして記載されました。イギリスの鳥類学者ウィリアム・スウェインソンは、1838年にDendrophila flavipesという学名でこの鳥を記載したが、この学名はその後ほとんど使われず、忘れられた学名(nomen oblitum)とみなされている。基亜種であるS. a. azurea (Lesson, 1830)は、1830年にルネ・レッソンによって、おそらくアルジュノ・ウェリラン成層火山産の標本に基づいて記載された。この亜種はジャワ島中部および東部に生息する。